A reggaetón gyökerei a panamai reggae zenéből származnak. Egyfajta városi zene, amely az 1990-es évek elején vált népszerűvé az amerikai fiatalok körében. Ezután 2004-ben terjedt át Észak-Amerikába, Európába, majd Ázsiába. A panamai reggaeből fokozatosan alakult ki ez az új zenei stílus. A reggaetón a nyugat-indiai, a reggae és a dancehall zenét ötvözi a latin-amerikai stílusokkal, mint a bomba, plena, salsa, merengue, latin pop, cumbia, bachata a hiphop, és a kortárs R&B.
A reggaetónt befolyásolta a hiphop és jamaicai dancehall, de hiba lenne a reggaetónt úgy definiálni, mint az előbb említett műfajok spanyol vagy latin változata. A reggaetónnak megvannak a maga sajátos ütem- és ritmusjellemzői.